Mystical Ninja Starring Goemon

La historia sigue las luchas de Goemon para evitar que la pandilla Peach Mountain Shoguns convierta a Japón en un teatro de bellas artes occidentalizado. La trama llama a tres características musicales cinematográficas y batallas entre robots gigantes; como otros juegos de Ganbare Goemon, se pica con humor surrealista y anacronismos. El protagonista de Mystical Ninja es Goemon, un ninja de sangre caliente, con pelo azul y arbustible basado en el legendario ladrón Ishikawa Goemon. El señor de Oedo le pide que encuentre a los que mutilaron el castillo de Oedo. Goemon vive en la ciudad de Oedo y es amigo de Ebisumaru, un extraño hombre de grasa gluttonosa que lleva una venda azul. Ebisumaru se define como perezoso y pervertido. Su amigo kunai-throwing Sasuke es un ninja mecánico (hecho por el Hombre sabio de Iga) que disfruta de baños calientes y té japonés. Redondear a los héroes es Yae, un feroz kunoichi, que pasa en la banda de Goemon en Zazen Town. Los villanos del granizo del juego de la organización Peach Mountain Shoguns e incluyen una banda de cuatro "weirdos" liderados por Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) y Kitty Lily (Margaret Ranko). Tienen la intención de transformar Japón en un escenario para sus talentos.