Major Havoc

Hace mucho tiempo el malvado Imperio Vaxxian sobrera la galaxia. La mayoría de la humanidad fue esclavizada y secuestrada en el mundo natal Vaxxian. Algunos humanos, que eran científicos, lograron escapar. En el momento actual (según el cronograma del juego), el Imperio ha colapsado desde entonces. Sin embargo, numerosas estaciones espaciales vaxxianas, controladas ciegamente y defendidas por robots, permanecen en la galaxia, persiguiendo sin sentido sus órdenes originales. La pequeña banda de científicos que inicialmente escaparon logró clonar al gran héroe humano Mayor Havoc, con el fin de volar a su Catastrofighter a través de un agujero de gusano en el espacio, para que pueda dirigir un ejército clon contra los temidos robots vaxianos, y liberar los restos de la humanidad destruyendo los reactores enemigos. El jugador controla al Mayor Havoc, el líder de esta misma banda de clones.